Faktury elektroniczne nadal potrzebują elektronicznego podpisu. Za to, dzięki ulepszeniu przepisów, nie są już kwestionowane przez urząd skarbowy. Innowacyjne wysyłanie faktur drogą elektroniczną przyspiesza pracę właścicielom firm. Głównie dlatego,że są dużo bardziej funkcjonalne od papierowych wydruków. Dzięki nim można dużo zaoszczędzić na znaczkach pocztowych, kopertach, papierze drukarskim, a także na samym tuszu do drukarek. Jednakże zgodnie z Rozporządzeniem Ministerstwa Finansów i artykułem 106 ustęp 10 i 11 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, warunkiem koniecznym stosowania tejże metody, jest m.in. pisemna zgoda odbiorcy dokumentu na ten rodzaj wysyłania Co więcej,dokumentację firmową w postaci elektronicznej, powinno się archiwizować na specjalnie zabezpieczonych komputerach. Po pierwsze, muszą być one chronione przed wirusami i innymi zagrożeniami związanymi z trwałą utratą danych. Muszą też zostać zabezpieczone przed bezprawnymi zmianami i bezprawnym wglądem w dane osobowe. Jednak ma to swoją korzyść w postaci zagospodarowanego miejsca w firmie. Zamiast sterty papierów, przechowuje się jedynie nośnik danych. Kosztowny e-podpis Wadą elektronicznych dokumentów pozostaje wymóg zainstalowania w firmie kwalifikowanego podpisu elektronicznego i wykupienia co rok lub co dwa lata certyfikatu.. Za podpis należy zapłacić więc od 300 do 600 złotych. Jest to koszt zakupu czytnika, oprogramowania i kart koniecznych do tego, by podpisać się elektronicznie. Z kolei, odnowienie certyfikatu to koszt 130 zł. rocznie.